Eduardo begon zijn lange professionele loopbaan in 2003 bij het Portugese SC Braga. Via SC Beira-Mar, Vitória Setúbal FC en opnieuw SC Braga streek hij neer in de Serie A bij het Italiaanse Genoa. Na een jaar in Italië verhuisde Eduardo naar de Portugese topclub Benfica. Via Basaksehir keerde hij terug bij zijn oude ploeg SC Braga om van daaruit de overstap te maken naar Dinamo Zagreb. Na twee seizoenen in Kroatië stond Eduardo de afgelopen twee jaar op de loonlijst van Chelsea.
,,Ik hoop nu weer veel aan spelen toe te komen'', vertelde Eduardo, die bij Vitesse rugnummer 1 krijgt. ,,Ik kan met mijn ervaring rust brengen en de verdediging neerzetten. Ik sta te popelen om zo snel mogelijk aan te sluiten bij de groep.''
Eduardo is voor het nieuwe seizoen de negende aanwinst voor Vitesse.