Neuer had last van een kuitblessure. Hij miste de competitiewedstrijd tegen Freiburg (1-1) en kon woensdag ook niet aantreden in het ternauwernood gewonnen bekerduel met Heidenheim (5-4).
Behalve Kovac deed ook David Alaba donderdag mee met de groepstraining. ,,We hebben wat rustig aan gedaan met de spelers die veel hebben gespeeld", zei Kovac. ,,We zijn erg blij met de situatie van de ziekenboeg."
Bayern staat met nog zeven duels te gaan twee punten achter op Borussia Dortmund.