De Oostenrijker begon zijn carrière in 2001 bij Quick.Step en fietste daarna ook voor Française des Jeux, T-Mobile, Columbia-HTC, Sky en Dimension Data (sinds 2016).
"Het was een voorrecht om voor de meest prestigieuze teams in de mooiste wedstrijden te mogen rijden. Ik heb vrienden voor het leven gemaakt en heb de wereld rondgereisd terwijl ik mijn dromen kon waarmaken. Maar nu is het tijd voor de volgende stap", liet de twaalfvoudig deelnemer aan de Tour de France weten. Hij reed zestien keer de klassieker Parijs-Roubaix uit, met de vijfde plek in 2006 als beste resultaat.
Eisel kwam bijna twee jaar geleden in het nieuws vanwege een hersenoperatie. Daarbij werd een hematoom verwijderd. De opeenhoping van bloed in de hersenen was een gevolg van een zware crash in de Tirreno-Adriatico.