Barbarin zou in 2014 en 2015 klachten over misbruik van padvinders in de jaren tachtig en negentig door priester Bernard Preynat in de doofpot hebben gestopt. De aartsbisschop heeft de aanklacht altijd ontkend.
De kardinaal is de hoogste geestelijke die verdachte was in een misbruikzaak rond de Rooms-Katholieke Kerk. Na zijn veroordeling bood Barbarin zijn ontslag aan bij paus Franciscus. Die weigerde dat. Vijf medeverdachten werden in 2019 vrijgesproken. De zaak tegen Preynat is onlangs begonnen.