Of gemeenten een milieuzone invoeren, mogen ze zelf beslissen. Maar als ze daarvoor kiezen, gaat de keuze voortaan tussen 'geel' en het strengere 'groen'. In een gele zone zijn alleen dieselauto's van de zogeheten Euroklasse 3 of hoger welkom. Dat zijn doorgaans auto's van na de eeuwwisseling. Een groene zone is alleen toegankelijk voor Euroklasse 4 of hoger. Die auto's zijn nieuwer en stoten minder fijnstof en stikstofoxiden uit.
Alle benzineauto's blijven in milieuzones welkom. Daar valt maar weinig winst te behalen volgens Van Veldhoven. Bovendien blijft het systeem op deze manier eenvoudig.
Steden die al een milieuzone hebben, zoals Rotterdam, en steden die ertoe hebben besloten, zoals Arnhem en Maastricht, brengen die in lijn met de nieuwe regels.